Beckstein ist Nachfolger von Edmund Stoiber, der sein Amt nach 14 Jahren am 30. September niedergelegt hatte. Er wurde am 9.10 vom bayerischen Landtag zum neuen Ministerpräsidenten gewählt. Er erhielt 122 der 178 abgegebenen Stimmen. Das sind insgesamt zwei Stimmen weniger, als die CSU-Fraktion Sitze im Landtag innehat. Insgesamt 53 Abgeordnete stimmten gegen Beckstein, zwei enthielten sich und eine Stimme war ungültig.

Bereits im Januar dieses Jahres hatte dieser seinen Rücktritt von den Spitzenämtern angekündigt. Die Wahl zur Nachfolge zum CSU-Vorsitzenden auf dem CSU-Parteitag am 29. September hatte Erwin Huber gewonnen.

Beckstein wird nun mindestens bis zum Ende der Legislaturperiode im September 2008 im Amt bleiben. Dann finden die Landtagswahlen statt, für die Beckstein vom CSU-Parteitag zum Spitzenkandidaten nominiert wurde.

Der CSU-Parteitag in München am 29.09.2007 brachte für die Christlich-Soziale Union Bayerns einen Führungswechsel. Der langjährige CSU-Vorsitzende und bayerische Ministerpräsident Edmund Stoiber trat zurück und machte den Weg frei für den amtierenden bayerischen Wirtschaftsminister Erwin Huber als neuem Vorsitzenden, der mit 58,2 Prozent der Stimmen gewählt wurde. Zum ersten Mal seit über 50 Jahren in der Geschichte dieser Partei kam es auf dem Parteitag zu einer Kampfkandidatur. Die Delegierten konnten zwischen drei Bewerbern wählen. Neben dem als Favoriten ins Rennen gegangenen Erwin Huber kandidierten der Bundesminister für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz Horst Seehofer sowie die Fürther Landrätin Gabriele Pauli für das Amt. Während Seehofer mit 39,1 Prozent der Delegiertenstimmen ein Ergebnis erzielte, wurde Gabriele Pauli mit nur 2,5 Prozent der Delegiertenstimmen deklassiert. Sie gehört auch nicht mehr dem Vorstand ihrer Partei an. Ihr Bezirksverband Nürnberg-Fürth-Schwabach hatte sie nicht mehr nominiert.