Der CSU-Parteitag in München am 29.09.2007 brachte für die Christlich-Soziale Union Bayerns einen Führungswechsel. Der langjährige CSU-Vorsitzende und bayerische Ministerpräsident Edmund Stoiber trat zurück und machte den Weg frei für den amtierenden bayerischen Wirtschaftsminister Erwin Huber als neuem Vorsitzenden, der mit 58,2 Prozent der Stimmen gewählt wurde. Zum ersten Mal seit über 50 Jahren in der Geschichte dieser Partei kam es auf dem Parteitag zu einer Kampfkandidatur. Die Delegierten konnten zwischen drei Bewerbern wählen. Neben dem als Favoriten ins Rennen gegangenen Erwin Huber kandidierten der Bundesminister für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz Horst Seehofer sowie die Fürther Landrätin Gabriele Pauli für das Amt. Während Seehofer mit 39,1 Prozent der Delegiertenstimmen ein Ergebnis erzielte, wurde Gabriele Pauli mit nur 2,5 Prozent der Delegiertenstimmen deklassiert. Sie gehört auch nicht mehr dem Vorstand ihrer Partei an. Ihr Bezirksverband Nürnberg-Fürth-Schwabach hatte sie nicht mehr nominiert.

Trotz der erkennbar geringen Unterstützung für die Fürther Landrätin war das Medieninteresse auf die Auftritte Paulis gerichtet. Mit einem Diskussionsbeitrag unmittelbar vor dem eigentlichen Wahlgang sorgte sie noch einmal für Aufsehen. Der CSU-Führung warf sie in ihrem Beitrag Mobbing gegen ihre Person vor: „Man hat versucht, mich in die Ecke des Rotlichts zu stellen. Man hat mir den Parteiaustritt nahe gelegt“, sagte sie vor den rund 1.000 Delegierten. Außerdem verlangte sie von Beckstein eine Erklärung, warum dieser ihr eine psychiatrische Behandlung nahe gelegt habe.

Horst Seehofer wurde mit 91,8 Prozent als stellvertretender Parteivorsitzender wiedergewählt.